Diplômé de l’Ecole nationale de l’administration (ENA), Habib Sy a occupé plusieurs fonctions au sein de l’administration sénégalaise, notamment le poste de Commissaire aux enquêtes économiques principal. Proche d’Abdoulaye Wade, il est son directeur de cabinet (1995-1997) avant d’occuper le poste de ministre d’Etat sous sa présidence entre 2004 et 2009, dont 3 ans dans le gouvernement de Macky Sall.

Il a également été Administrateur général de la Fondation Trade Point, conseiller technique au ministère du Commerce, et haut fonctionnaire au sein du ministère des Affaires étrangères. Enfin, Habib Sy a été maire de Linguère entre 2002 et 2014.